Müftüoğlu yaptığı açıklamada, "Sayın Cumhurbaşkanımızın Harem-i Şerif'teki son gelişmeler hakkında ifade ettikleri hususlara ilişkin olarak İsrail Dışişleri Bakanlığı Sözcüsü tarafından yapılan haddini bilmez açıklamayı kınıyoruz" ifadesini kullandı. "Osmanlı döneminde Filistin'de farklı dinlere ve mezheplere mensup cemaatler yüzyıllarca barış içinde birlikte yaşamış ve ibadetlerini özgürce yerine getirmiştir" diyen Müftüoğlu, şunları kaydetti:
"Bu bağlamda Osmanlı döneminde sergilenen benzersiz hoşgörüyü en iyi Musevilerin bilmesi ve takdir etmesi beklenir. Bugün de Türkiye Cumhuriyeti'nde Musevilerin inanç ve ibadet özgürlükleri devletimizin güvencesi altındadır. Tüm Müslümanlar için en kutsal üçüncü mekan olan Harem-i Şerif, bütün İslam aleminin en öncelikli konularının başında yer almaktadır. Doğu Kudüs, Batı Şeria ve Gazze'de süregiden İsrail işgali 50. yılını doldurmuşken, Doğu Kudüs'ün işgal altında olduğu gerçeğini örtbas etmeye çalışmanın bölgede barış ve istikrarın sağlanmasına ve Filistin-İsrail ihtilafının çözülmesine faydası olmayacağı açıktır. İsrail'e düşen sorumluluk, biran önce aklıselimi hâkim kılıp, Harem-i Şerif’te statükoya dönmek ve ibadet özgürlüğünün önündeki engelleri tümüyle kaldırmaktır."