Kuvvet komutanlıklarının Millî Savunma Bakanlığı'na bağlanmasının ardından, bakanlığın yeni teşkilat yapısı üzerindeki çalışmalar da tamamlanma aşamasına geldi. Millî Savunma Bakanı Fikri Işık, bakanlığın yeni yapısının sivil ağırlıklı olacağını, NATO’nun konseptini Türkiye’ye uygulayacaklarını söyledi. Işık MSB’nin yeni teşkilat yapısını şöyle anlattı: “Müsteşar sivil olacak ama NATO’daki ve uluslararası karşılığı orgeneral olacak. NATO’ya bağlı ülkelerdeki uygulamaların birebir aynısını yapıyoruz. ABD’de böyle. Yani NATO konsepti hayata geçirilecek. Sivil olarak atanan müsteşar muhataplık olarak orgenerale denk gelecek. Uluslararası toplantılarda, sivil müsteşarlığımız oradaki orgeneralle eş düzeyde olacak. Çünkü muhataplık önemli. NATO’nun konseptini aldığımızda muhataplık problemi de yaşanmayacak. Bu standardı Türkiye’deki sistem ile örtüştüreceğiz. Müsteşar yardımcılarından ikisi asker olacak. Bir de mutlaka asker olması gereken, mutlaka sivil olması gereken daire başkanları olacak. Her türlü mali denetim MSB yetkisinde olacak. Bunu MSB’nin oluşturacağı kadrolar yapacak. Kuvvetler de MSB’ye bağlandığı için, bakanlık kendine bağlı bütün kurumları denetleyecek bir mekanizma oluşturacak. Millî Savunma Üniversitesi rektörünün kadro karşılığı korgeneral olacak. Müsteşar yardımcıları ve genel müdürler bütün general, daire başkanlarının rütbe karşılığı ise tuğgeneral gibi işlem görecek. Her kadronun bir rütbe karşılığı olacak MSB bir taraftan asker ile ilişki içinde çalışıyor, diğer taraftan sivillerle. Böylece çalışmalar sırasında ast-üst ilişkisi de belli olacak. TSK’daki bir rütbenin MSB’de hangi sivil bürokrata denk geldiği belli olacak.”